Baldur’s Gate III’ün hikayesi, ikinci oyundan neredeyse bir asır sonrasında geçiyor. Oyunun başrolünde yer alan karakterimiz, Faerûn’un istila edilmesi sonrası Mind Flayer (Illithid) ırkı tarafından esir alınmıştır. Esir alınmaktan daha kötüsü ise bizi onlardan birine dönüştürebilen bir parazitin beynimize yerleştirilmiş olmasıdır. Dönüşümün gerçekleşmesinden önce tüm esirlerin bulunduğu uçan gemi Nautiloid, Githyanki güçlerinin saldırısına uğrar ve bu saldırıdan kaçmak için diyarlar arasında geçişler yapar. Geminin ağır hasar almasıyla kapsülden kurtulunca önceliği hayatta kalmaya verir ve rotayı Faerûn’a çeviririz. Aksiyon dolu sürecin sonu bir kazayla sonuçlanır ve kendimizi kıyıya vurmuş halde buluruz. Hikayenin devamındaki öncelikli amacımız zihinler arası bağlantı gibi yan etkileri bulunan bu parazitten kurtulmaktır.
